Adote uma espécie

Escolha uma espécie brasileira sem DNA público e diga que vai sequenciá-la.

cobertura_bruta = FileAttachment("data/cobertura.csv").csv({typed: true})
adocoes = FileAttachment("data/adocoes.csv").csv({typed: true})
status = FileAttachment("data/status.json").json()

REPO = "{{< meta website.repo-url >}}"

ROTULO_GRUPO = new Map([
  ["anfibios", "Anfíbios"], ["repteis", "Répteis"],
  ["aves", "Aves"], ["mamiferos", "Mamíferos"]
])
OPCOES_GRUPO = ["Todos", ...ROTULO_GRUPO.values()]
GRUPO_POR_ROTULO = new Map([...ROTULO_GRUPO].map(([k, v]) => [v, k]))

// Cores de situação (paleta de status: bom / atenção / crítico) e de grupo.
SITUACOES = ["com DNA", "a verificar", "sem DNA"]
COR_SITUACAO = ["#0ca30c", "#fab219", "#d03b3b"]
COR_GRUPO = ["#2a78d6", "#eb6834", "#1baf7a", "#eda100"]

AMEACADAS = new Set(["CR", "EN", "VU"])

cobertura = {
  const adot = new Map(adocoes.map(a => [a.especie, a]));
  return cobertura_bruta.map(d => {
    const a = adot.get(d.especie);
    const ufs = d.ufs ? String(d.ufs).split(";") : [];
    const cat = d.categoria_ameaca ?? "";
    return {
      ...d,
      grupo_rotulo: ROTULO_GRUPO.get(d.grupo),
      ufs_lista: ufs,
      endemica: d.endemica_br === true || d.endemica_br === "TRUE",
      ameacada: AMEACADAS.has(cat),
      adocao: a ? a.situacao : null,
      adotada_por: a ? a.instituicao : null,
      // prioridade: ameaçada > DD > endêmica > descrita há mais tempo
      prioridade: (AMEACADAS.has(cat) ? 0 : cat === "DD" ? 1 : 2) * 10 +
                  (d.endemica_br === true || d.endemica_br === "TRUE" ? 0 : 1)
    };
  });
}

filtra_grupo = (dados, rotulo) =>
  rotulo === "Todos" ? dados : dados.filter(d => d.grupo === GRUPO_POR_ROTULO.get(rotulo))

fmt = d3.format(",d")
fmtpct = d3.format(".0%")
fmtn = n => n == null ? "" : fmt(n).replace(/,/g, ".")

conta = dados => {
  const c = d3.rollup(dados, v => v.length, d => d.situacao);
  return {
    total: dados.length,
    com: c.get("com DNA") ?? 0,
    verificar: c.get("a verificar") ?? 0,
    sem: c.get("sem DNA") ?? 0
  };
}

link_adote = especie =>
  `${REPO}/issues/new?template=adote.yml&title=${encodeURIComponent("Adoção: " + especie)}&especie=${encodeURIComponent(especie)}`

selo_situacao = s => {
  const cls = s === "com DNA" ? "com" : s === "sem DNA" ? "sem" : "verificar";
  const ico = s === "com DNA" ? "✓" : s === "sem DNA" ? "✕" : "?";
  return htl.html`<span class="situacao ${cls}">${ico} ${s}</span>`;
}

Centenas de espécies de anfíbios, répteis, aves e mamíferos do Brasil ainda não têm nenhuma sequência de DNA pública. Muitas já têm tecido guardado em coleções, esperando alguém com uma pergunta (ou um edital) para sequenciar. “Adotar” é só dizer em público: eu vou sequenciar esta espécie. Isso evita esforço duplicado e ajuda a achar parceiros.

Como adotar

1. Escolha a espécie na página Espécies sem DNA (filtre por estado, grupo, família, endêmicas ou ameaçadas).
2. Clique em adotar. Abre um formulário no GitHub (precisa de uma conta gratuita) já com o nome da espécie.
3. Diga a instituição, se já há tecido em coleção e o marcador previsto (COI, cyt b, 16S, genoma…).
4. Depois de revisado, a espécie ganha o selo adotada no painel. Quando a primeira sequência aparecer no BOLD ou no GenBank, o robô semanal detecta e ela vira sequenciada na página de novidades.

htl.html`<p><a class="btn btn-primary" href="${REPO}/issues/new?template=adote.yml" target="_blank">Abrir um pedido de adoção</a>
<a class="btn btn-outline-secondary" href="${REPO}/issues?q=label%3Aadotada" target="_blank">Ver adoções no GitHub</a></p>`

Sem conta no GitHub? Fale com o mantenedor pelo perfil @rsilveirafh: ele registra a adoção por você.

Boas práticas

• Priorize tecido já depositado em coleções científicas. Este painel não é convite para coletar espécie ameaçada.
• Patrimônio genético: acesso a material genético de espécie nativa para pesquisa exige cadastro no SisGen (Lei nº 13.123/2015). Coleta exige autorização (SISBIO).
• Deposite as sequências em base pública (BOLD e/ou GenBank) com o voucher citado. Só assim a espécie sai da lista.
• Confira o nome antes: espécies marcadas como “a verificar” podem ter sequências sob nome antigo. Se achar uma, abra uma issue com o link: a correção vale tanto quanto uma adoção.

Espécies adotadas

{
  if (!adocoes.length) return md`Nenhuma adoção registrada ainda. A primeira pode ser a sua.`;
  return Inputs.table(adocoes, {
    columns: ["especie", "situacao", "instituicao", "desde", "issue"],
    header: {especie: "Espécie", situacao: "Situação", instituicao: "Instituição", desde: "Desde", issue: "Pedido"},
    format: {especie: d => htl.html`<em>${d}</em>`, issue: d => d ? htl.html`<a href="${d}">link</a>` : ""},
    select: false
  });
}