Fontes e método

cobertura_bruta = FileAttachment("data/cobertura.csv").csv({typed: true})
adocoes = FileAttachment("data/adocoes.csv").csv({typed: true})
status = FileAttachment("data/status.json").json()

REPO = "{{< meta website.repo-url >}}"

ROTULO_GRUPO = new Map([
  ["anfibios", "Anfíbios"], ["repteis", "Répteis"],
  ["aves", "Aves"], ["mamiferos", "Mamíferos"]
])
OPCOES_GRUPO = ["Todos", ...ROTULO_GRUPO.values()]
GRUPO_POR_ROTULO = new Map([...ROTULO_GRUPO].map(([k, v]) => [v, k]))

// Cores de situação (paleta de status: bom / atenção / crítico) e de grupo.
SITUACOES = ["com DNA", "a verificar", "sem DNA"]
COR_SITUACAO = ["#0ca30c", "#fab219", "#d03b3b"]
COR_GRUPO = ["#2a78d6", "#eb6834", "#1baf7a", "#eda100"]

AMEACADAS = new Set(["CR", "EN", "VU"])

cobertura = {
  const adot = new Map(adocoes.map(a => [a.especie, a]));
  return cobertura_bruta.map(d => {
    const a = adot.get(d.especie);
    const ufs = d.ufs ? String(d.ufs).split(";") : [];
    const cat = d.categoria_ameaca ?? "";
    return {
      ...d,
      grupo_rotulo: ROTULO_GRUPO.get(d.grupo),
      ufs_lista: ufs,
      endemica: d.endemica_br === true || d.endemica_br === "TRUE",
      ameacada: AMEACADAS.has(cat),
      adocao: a ? a.situacao : null,
      adotada_por: a ? a.instituicao : null,
      // prioridade: ameaçada > DD > endêmica > descrita há mais tempo
      prioridade: (AMEACADAS.has(cat) ? 0 : cat === "DD" ? 1 : 2) * 10 +
                  (d.endemica_br === true || d.endemica_br === "TRUE" ? 0 : 1)
    };
  });
}

filtra_grupo = (dados, rotulo) =>
  rotulo === "Todos" ? dados : dados.filter(d => d.grupo === GRUPO_POR_ROTULO.get(rotulo))

fmt = d3.format(",d")
fmtpct = d3.format(".0%")
fmtn = n => n == null ? "" : fmt(n).replace(/,/g, ".")

conta = dados => {
  const c = d3.rollup(dados, v => v.length, d => d.situacao);
  return {
    total: dados.length,
    com: c.get("com DNA") ?? 0,
    verificar: c.get("a verificar") ?? 0,
    sem: c.get("sem DNA") ?? 0
  };
}

link_adote = especie =>
  `${REPO}/issues/new?template=adote.yml&title=${encodeURIComponent("Adoção: " + especie)}&especie=${encodeURIComponent(especie)}`

selo_situacao = s => {
  const cls = s === "com DNA" ? "com" : s === "sem DNA" ? "sem" : "verificar";
  const ico = s === "com DNA" ? "✓" : s === "sem DNA" ? "✕" : "?";
  return htl.html`<span class="situacao ${cls}">${ico} ${s}</span>`;
}

A pergunta

Para cada espécie de tetrápode do Brasil (anfíbios, répteis, aves e mamíferos) nas listas oficiais das sociedades científicas: quantas sequências de DNA públicas existem no BOLD Systems e no GenBank? E quais espécies ainda não têm nenhuma? O recorte é de tetrápodes; peixes não entram.

{
  const n = conta(cobertura);
  return md`Na última atualização (${status.atualizado_em}): **${fmtn(n.total)}** espécies,
**${fmtn(n.com)}** com DNA público (${fmtpct(n.com / n.total)}), **${fmtn(n.sem)}** sem nenhum DNA
encontrado e **${fmtn(n.verificar)}** a verificar.`;
}

Listas de espécies

Uma lista de referência por grupo, todas convertidas para o mesmo esquema de colunas.

md`| Grupo | Lista | Licença |
|---|---|---|
| Anfíbios | Drummond, L. O., Santana, D. J., Lima, L. M. C. & Toledo, L. F. (2026). *Lista de Anfíbios do Brasil*. Herpetologia Brasileira 15(2). [doi:10.5281/zenodo.18340087](https://doi.org/10.5281/zenodo.18340087). Dados estruturados do pacote [amphiBR](https://github.com/paulobarros/amphiBR) (P. Barros). UF, bioma, endemismo e as categorias DD/NT/LC vêm da lista anterior (Segalla et al. 2021, [doi:10.5281/zenodo.4716176](https://doi.org/10.5281/zenodo.4716176)) pelo nome de 2021; as espécies sem nome em 2021 recebem a UF do CTFB. | Listas CC-BY 4.0; pacote GPL ≥ 3 (só os dados são usados) |
| Répteis | Entiauspe-Neto, O. M., Costa, H. C. & Guedes, T. B. [ReptiliaBR](https://github.com/omarentiauspe/ReptiliaBR) v0.4.0: lista e ocorrência por UF dos répteis do Brasil (SBH). Só ocorrências confirmadas ("X") entram no mapa. | MIT |
| Aves | Pacheco, J. F. et al. (2021). *Annotated checklist of the birds of Brazil by the Brazilian Ornithological Records Committee*, 2ª ed. Ornithology Research 29: 94-105. Lista Primária. [doi:10.5281/zenodo.5138368](https://doi.org/10.5281/zenodo.5138368) | CC-BY 4.0 |
| Mamíferos | Abreu, E. F. et al. *Lista de Mamíferos do Brasil* v2025-1. CT-SBMz. [doi:10.5281/zenodo.18378485](https://doi.org/10.5281/zenodo.18378485) | CC-BY 4.0 |

Quando a lista registra o nome anterior de uma espécie (combinação antiga, sinônimo júnior), esse
nome entra na busca de sequências junto com os sinônimos do CTFB e do GBIF: as 63 combinações novas
da lista de anfíbios de 2026 (por exemplo, *Scinax agilis* → *Ololygon agilis*) não viram falsas
órfãs. Espécies marinhas entram quando a
lista do grupo as traz (tartarugas marinhas, aves marinhas, cetáceos, sirênios): nenhum filtro manual.`

Sequências

• BOLD Systems (portal v5): uma consulta por classe ao endpoint público api/summary, que devolve o número de registros públicos por nome de espécie; outra consulta igual, restrita a material coletado no Brasil. Sem chave.
• GenBank (NCBI E-utilities, esearch no banco nuccore): contagem de registros por "Gênero epíteto"[Organism]. O filtro [Organism] usa a taxonomia do NCBI e já inclui os sinônimos que o NCBI conhece. Os nomes anteriores dados pela lista e os sinônimos do CTFB entram na mesma busca com OR.
• Catálogo Taxonômico da Fauna do Brasil (CTFB/JBRJ, API REST aberta): sinônimos, ocorrência por UF (usada para aves, e para anfíbios sem UF na lista), endemismo e ano de descrição quando a lista não traz.
• GBIF Backbone (api.gbif.org): para as espécies sem DNA sob o nome da lista, o nome aceito no GBIF e os sinônimos dele (pega transferências de gênero, como Heterospizias meridionalis / Buteogallus meridionalis). Se o GBIF não reconhece o nome, nada é inventado: a espécie fica “a verificar”.
• Categoria nacional de ameaça: Portaria MMA nº 1.704, de 16/06/2026 (Lista Nacional Oficial das Espécies da Fauna Ameaçadas de Extinção, Anexo I), extraída do PDF publicado no DOU. Espécie com só subespécies listadas aparece como “categoria (ssp.)”. Quando a espécie não consta da portaria, mantêm-se as categorias DD/NT/LC das avaliações citadas pelas listas (MMA 2022 para anfíbios, MMA 2023 para mamíferos).
• Mapa: malha de UFs do IBGE (qualidade mínima).

Situação de cada espécie

Situação	Critério
com DNA	ao menos um registro no BOLD ou no GenBank sob o nome da lista ou sob outra combinação do mesmo epíteto (transferência de gênero; a observação diz qual)
a verificar	sem DNA sob o nome da lista, mas: há sequências só sob nome alternativo com outro epíteto (sinônimo, nome aceito no CTFB ou no GBIF; pode ser desmembramento ou agrupamento de espécies); ou o nome não está no CTFB ou não é reconhecido pelo GBIF (não deu para conferir sinônimos); ou o nome da lista é sinônimo no CTFB; ou a espécie tem sinônimos conhecidos; ou o nome aparece no GenBank fora do campo Organism (nota, subespécie, identificação antiga); ou o gênero tem 500 registros ou mais no GenBank
sem DNA	nenhuma sequência pública sob o nome e os sinônimos conhecidos, e nenhum dos sinais acima

Cuidado com a “falsa órfã”. Uma espécie pode parecer sem DNA porque o banco usa um nome antigo, um nome com erro ou uma identificação só até gênero (“Gênero sp.”). Por isso o painel nunca afirma “não existe DNA”: afirma que não foi encontrado sob os nomes conferidos. A coluna “Observação” diz o motivo de cada “a verificar” e quantos registros do gênero coletados no Brasil estão sem identificação no BOLD. Achou uma sequência que o painel não viu? Abra uma issue com o link.

Faixas de registros no BOLD seguem o iBOL Europe Gap List: 0 / 1-2 / 3-9 / 10 ou mais. A ideia de ranquear lacunas vem de lá.

Atualização

Um robô (GitHub Actions) roda toda semana: baixa as listas, consulta CTFB, BOLD e GenBank e grava os resultados em CSV no repositório. O histórico do git é o histórico dos dados. A consulta ao GenBank é incremental: espécies novas e as sem DNA são reconsultadas toda semana; as demais, a cada 4 semanas.

Dados e código

• cobertura.csv: uma linha por espécie (contagens, situação, observação).
• historico.csv: totais por grupo a cada atualização.
• eventos.csv: espécies que ganharam DNA, com a data.

md`Código e dados no [GitHub](${REPO}). Código sob licença MIT; tabelas derivadas sob CC-BY 4.0
(cite as listas originais e este painel).`