cobertura_bruta = FileAttachment("data/site.csv").csv({typed: true})
adocoes = FileAttachment("data/adocoes.csv").csv({typed: true})
status = FileAttachment("data/status.json").json()

REPO = "{{< meta website.repo-url >}}"

ROTULO_GRUPO = new Map([
  ["angiospermas", "Angiospermas"], ["gimnospermas", "Gimnospermas"],
  ["samambaias", "Samambaias e licófitas"]
])
OPCOES_GRUPO = ["Todos", ...ROTULO_GRUPO.values()]
GRUPO_POR_ROTULO = new Map([...ROTULO_GRUPO].map(([k, v]) => [v, k]))

// Domínios fitogeográficos da Flora e Funga, do maior para o menor número de espécies.
DOMINIOS = ["Mata Atlântica", "Amazônia", "Cerrado", "Caatinga", "Pampa", "Pantanal"]
FORMAS_VIDA = ["Árvore", "Arbusto", "Subarbusto", "Erva", "Liana/volúvel/trepadeira", "Palmeira",
               "Bambu", "Suculenta", "Dracenóide"]
SUBSTRATOS = ["Terrícola", "Rupícola", "Epífita", "Hemiepífita", "Aquática", "Parasita",
              "Hemiparasita", "Saprófita"]

// Cores de situação (as mesmas de tema-claro.scss; tons médios que funcionam
// no claro e no escuro): verde-folha / ocre / terracota. E uma cor por grupo.
SITUACOES = ["com DNA", "a verificar", "sem DNA"]
COR_SITUACAO = ["#8cc283", "#d6a23a", "#c4633a"]
COR_GRUPO = ["#3a8a55", "#b8532c", "#5b6f8a"]

// Portaria MMA 1.783/2026: CR, EN e VU (com "(infra)" quando só há infraespecíficos
// listados e "(PE)" para possivelmente extinta).
eh_ameacada = c => /^(CR|EN|VU)/.test(c ?? "")
AMEACADAS = new Set(["CR", "EN", "VU"])

lista_de = v => v ? String(v).split(";") : []

cobertura = {
  const adot = new Map(adocoes.map(a => [a.especie, a]));
  return cobertura_bruta.map(d => {
    const a = adot.get(d.especie);
    const cat = d.categoria_ameaca ?? "";
    const endemica = d.endemica_br === true || d.endemica_br === "TRUE";
    return {
      ...d,
      grupo_rotulo: ROTULO_GRUPO.get(d.grupo),
      ufs_lista: lista_de(d.ufs),
      biomas_lista: lista_de(d.biomas),
      formas_lista: lista_de(d.forma_vida),
      substratos_lista: lista_de(d.substrato),
      endemica,
      ameacada: eh_ameacada(cat),
      // leituras brutas no SRA, sem sequência montada (marca, não é situação)
      brutos: d.dados_brutos === true || d.dados_brutos === "TRUE",
      adocao: a ? a.situacao : null,
      adotada_por: a ? a.instituicao : null,
      // prioridade: ameaçada > endêmica > descrita há mais tempo (a portaria não traz DD)
      prioridade: (eh_ameacada(cat) ? 0 : 1) * 10 + (endemica ? 0 : 1)
    };
  });
}

filtra_grupo = (dados, rotulo) =>
  rotulo === "Todos" ? dados : dados.filter(d => d.grupo === GRUPO_POR_ROTULO.get(rotulo))

fmt = d3.format(",d")
fmtpct = d3.format(".0%")
fmtn = n => n == null ? "" : fmt(n).replace(/,/g, ".")

conta = dados => {
  const c = d3.rollup(dados, v => v.length, d => d.situacao);
  return {
    total: dados.length,
    com: c.get("com DNA") ?? 0,
    verificar: c.get("a verificar") ?? 0,
    sem: c.get("sem DNA") ?? 0,
    brutos: dados.filter(d => d.brutos).length
  };
}

// Observação completa: nas "sem DNA", site.csv omite a frase padrão.
observacao = d => d.situacao === "sem DNA"
  ? "Nada encontrado no BOLD ou no GenBank sob este nome e os sinônimos conhecidos" + (d.observacao ? `; ${d.observacao}` : "") + "."
  : (d.observacao ?? "")

link_adote = especie =>
  `${REPO}/issues/new?template=adote.yml&title=${encodeURIComponent("Adoção: " + especie)}&especie=${encodeURIComponent(especie)}`

link_sra = especie =>
  `https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=${encodeURIComponent('"' + especie + '"[Organism]')}`

link_ffb = id => id ? `https://floradobrasil.jbrj.gov.br/FB${id}` : null

// Marca das espécies sem sequência montada que têm leituras brutas no SRA.
selo_brutos = d => d.brutos
  ? htl.html`<a class="cc-chip cc-brutos" href="${link_sra(d.especie)}" target="_blank" title="Há leituras de sequenciamento no SRA, mas nenhuma sequência montada no BOLD ou no GenBank">só dados brutos</a>`
  : ""

selo_situacao = s => {
  const cls = s === "com DNA" ? "com" : s === "sem DNA" ? "sem" : "verificar";
  const ico = s === "com DNA" ? "✓" : s === "sem DNA" ? "✕" : "?";
  return htl.html`<span class="situacao ${cls}">${ico} ${s}</span>`;
}

cor_ameaca = c => c?.startsWith("CR") ? "cr" : c?.startsWith("EN") ? "en" : c?.startsWith("VU") ? "vu" : "outra"

selo_ameaca = c => eh_ameacada(c)
  ? htl.html`<span class="cc-chip cc-${cor_ameaca(c)}" title="Portaria MMA 1.783/2026">${c}</span>` : ""

// Lista curta de espécies (painéis de estado e de domínio).
item_especie = (x, com_situacao) => htl.html`<li>
  <a href="${link_adote(x.especie)}" target="_blank" title="Adotar esta espécie"><em>${x.especie}</em></a>
  <span class="cc-uf-chips">${com_situacao ? selo_situacao(x.situacao) : ""}${selo_brutos(x)}${selo_ameaca(x.categoria_ameaca)}${x.endemica ? htl.html`<span class="cc-chip">endêmica</span>` : ""}</span>
  <small>${x.grupo_rotulo} · ${x.familia}${x.ano_descricao ? ` · ${x.ano_descricao}` : ""}</small>
</li>`

ordena_prioridade = (a, b) =>
  d3.ascending(a.situacao === "sem DNA" ? 0 : 1, b.situacao === "sem DNA" ? 0 : 1) ||
  d3.ascending(a.prioridade, b.prioridade) ||
  d3.ascending(a.ano_descricao ?? 9999, b.ano_descricao ?? 9999) ||
  d3.ascending(a.especie, b.especie)

Por estado

Onde estão as espécies sem DNA

Uma espécie entra em todos os estados onde ocorre. Ocorrência por UF: Flora e Funga do Brasil. espécies do recorte não têm UF em nenhuma fonte e ficam fora do mapa.

viewof grupo = Inputs.radio(OPCOES_GRUPO, {label: "Grupo", value: "Todos"})

viewof metrica = Inputs.radio(["espécies sem DNA", "% sem DNA", "espécies na lista"], {label: "Cor do mapa", value: "espécies sem DNA"})

viewof com_verificar = Inputs.checkbox(["somar \"a verificar\""], {label: "Sem DNA"})

sel = filtra_grupo(cobertura, grupo)

sem_uf = sel.filter(d => d.ufs_lista.length === 0).length

eh_sem = d => d.situacao === "sem DNA" || (com_verificar.length > 0 && d.situacao === "a verificar")

NOME_UF = Object.fromEntries("AC:Acre|AL:Alagoas|AP:Amapá|AM:Amazonas|BA:Bahia|CE:Ceará|DF:Distrito Federal|ES:Espírito Santo|GO:Goiás|MA:Maranhão|MT:Mato Grosso|MS:Mato Grosso do Sul|MG:Minas Gerais|PA:Pará|PB:Paraíba|PR:Paraná|PE:Pernambuco|PI:Piauí|RJ:Rio de Janeiro|RN:Rio Grande do Norte|RS:Rio Grande do Sul|RO:Rondônia|RR:Roraima|SC:Santa Catarina|SP:São Paulo|SE:Sergipe|TO:Tocantins".split("|").map(x => x.split(":")))

COD_UF = Object.fromEntries("11:RO|12:AC|13:AM|14:RR|15:PA|16:AP|17:TO|21:MA|22:PI|23:CE|24:RN|25:PB|26:PE|27:AL|28:SE|29:BA|31:MG|32:ES|33:RJ|35:SP|41:PR|42:SC|43:RS|50:MS|51:MT|52:GO|53:DF".split("|").map(x => x.split(":")))

por_uf = Object.keys(NOME_UF).map(uf => {
  const sp = sel.filter(d => d.ufs_lista.includes(uf));
  const sem = sp.filter(eh_sem).length;
  return {uf, nome: NOME_UF[uf], total: sp.length, com: sp.filter(d => d.situacao === "com DNA").length,
          verificar: sp.filter(d => d.situacao === "a verificar").length,
          brutos: sp.filter(d => eh_sem(d) && d.brutos).length,
          sem, pct: sp.length ? sem / sp.length : 0};
})

valor = d => metrica === "% sem DNA" ? d.pct : metrica === "espécies na lista" ? d.total : d.sem

geo = {
  // A malha do IBGE segue a regra da mão direita (RFC 7946); o d3-geo espera o
  // sentido oposto. Inverte os anéis de cada polígono que "cobre o mundo".
  const g = await FileAttachment("data-raw/uf_ibge.geojson").json();
  for (const f of g.features) {
    if (d3.geoArea(f) > 2 * Math.PI) {
      const polys = f.geometry.type === "Polygon" ? [f.geometry.coordinates] : f.geometry.coordinates;
      for (const p of polys) for (const r of p) r.reverse();
    }
  }
  return g;
}

// Estado clicado no mapa ou no ranking (null = mostra o ranking).
mutable uf_sel = null

escolhe_uf = uf => {
  mutable uf_sel = uf;
  // No celular o painel fica embaixo do mapa: rola até ele.
  if (uf && window.innerWidth < 992) {
    setTimeout(() => document.querySelector(".cc-ranking")?.scrollIntoView({behavior: "smooth", block: "start"}), 60);
  }
}

Passe o mouse sobre um estado para ver os números. Clique nele (ou no nome, no ranking) para ver a lista de espécies.

{
  const idx = new Map(por_uf.map(d => [d.uf, d]));
  const feats = geo.features.map(f => ({...f, properties: {...f.properties, ...idx.get(COD_UF[f.properties.codarea])}}));
  const fc = {type: "FeatureCollection", features: feats};
  const w = Math.min(width, 680);
  const mapa = Plot.plot({
    width: w, height: w * 0.97, style: {fontFamily: "Inter, sans-serif", fontSize: "12px", background: "transparent"},
    projection: {type: "mercator", domain: fc},
    color: {type: "linear", range: ["#eef3e4", "#9a4322"], legend: true, label: metrica,
            tickFormat: metrica === "% sem DNA" ? fmtpct : fmtn},
    marks: [
      Plot.geo(fc, {fill: f => valor(f.properties), stroke: "var(--cc-papel)", strokeWidth: 1,
        tip: {fontFamily: "Inter, sans-serif"},
        title: f => `${f.properties.nome}
${fmtn(f.properties.total)} espécies
${fmtn(f.properties.sem)} sem DNA (${fmtpct(f.properties.pct)})
${fmtn(f.properties.verificar)} a verificar
${fmtn(f.properties.brutos)} das sem DNA só com dados brutos
clique para ver a lista`}),
      Plot.geo(feats.filter(f => f.properties.uf === uf_sel), {stroke: "var(--cc-tinta)", strokeWidth: 2.5}),
      Plot.text(fc.features, Plot.centroid({text: f => f.properties.uf, fill: "#1b2a20", stroke: "#f1f6ec",
        strokeWidth: 3, fontSize: 10, fontWeight: 600, pointerEvents: "none"}))
    ]
  });
  // Clique no estado: um path por feição, na mesma ordem de feats.
  mapa.querySelector('g[aria-label="geo"]').querySelectorAll("path").forEach((p, i) => {
    p.addEventListener("click", () => escolhe_uf(feats[i].properties.uf));
  });
  return mapa;
}

{
  if (uf_sel) {
    const d = por_uf.find(x => x.uf === uf_sel);
    const lista = sel.filter(x => x.ufs_lista.includes(uf_sel) && eh_sem(x)).sort(ordena_prioridade);
    const voltar = htl.html`<button class="cc-cta cc-pequeno" type="button">← Ranking</button>`;
    voltar.onclick = () => escolhe_uf(null);
    return htl.html`<div class="cc-uf-painel">
      <div class="cc-uf-topo"><span class="cc-chapeu">${grupo === "Todos" ? "Plantas vasculares" : grupo} · ${com_verificar.length ? "sem DNA e a verificar" : "sem DNA"}</span>${voltar}</div>
      <h3>${d.nome}</h3>
      <p class="cc-uf-resumo"><b>${fmtn(lista.length)}</b> de ${fmtn(d.total)} espécies registradas no estado${
        com_verificar.length ? "" : htl.html`; outras ${fmtn(d.verificar)} estão a verificar (marque "somar a verificar" para listá-las)`}.</p>
      ${lista.length ? htl.html`<ul class="cc-uf-especies">${lista.slice(0, 500).map(x => item_especie(x, com_verificar.length > 0))}</ul>
      ${lista.length > 500 ? htl.html`<p class="nota-pequena">Mostrando as 500 primeiras, por prioridade.</p>` : ""}` : htl.html`<p>Nenhuma espécie com estes filtros.</p>`}
      <p class="nota-pequena">Clique no nome para adotar. Para ver todas, filtrar por família ou buscar, use <a href="especies.html">Espécies sem DNA</a>.</p>
    </div>`;
  }
  const linhas = por_uf.slice().sort((a, b) => d3.descending(valor(a), valor(b)));
  const max = d3.max(linhas, valor) || 1;
  const fmtv = metrica === "% sem DNA" ? fmtpct : fmtn;
  return htl.html`<p class="cc-chapeu">Ranking · ${metrica}${com_verificar.length && metrica !== "espécies na lista" ? " (com a verificar)" : ""}</p><ol class="cc-ufs">${linhas.map(d => {
    const li = htl.html`<li class="cc-clicavel" tabindex="0" role="button" title="Ver as espécies de ${d.nome}">
      <span class="cc-uf-nome">${d.nome}</span>
      <span class="cc-uf-barra"><i style="width:${100 * valor(d) / max}%"></i></span>
      <span class="cc-uf-valor">${fmtv(valor(d))}</span>
      <span class="cc-uf-detalhe">${fmtn(d.total)} espécies · ${fmtn(d.verificar)} a verificar</span>
    </li>`;
    li.onclick = () => escolhe_uf(d.uf);
    li.onkeydown = e => { if (e.key === "Enter" || e.key === " ") { e.preventDefault(); escolhe_uf(d.uf); } };
    return li;
  })}</ol>`;
}